1962 yılında Bartın ili Ulus ilçesi Ulukaya Köyü’nde doğdu. Ulukaya İlkokulu, Ulus Ortaokulu ve Ankara İmam-Hatip Lisesi’ni bitirdi (1979). Lisans öğrenimini Selçuk Üniversitesi Eğitim Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü’nde tamamladı (1985). Dicle Üniversitesi Eğitim Fakültesi’nde Araştırma Görevlisi olarak çalıştı. Yüksek lisansını 1988 yılında Çukurova Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde, doktora öğrenimini de İnönü Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde tamamladı (1994). Askerlik görevini Personel Yedek Subay olarak Erzurum’da yaptı. 1994 yılında Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü’nde öğretim görevliliği yaptı. 1994 yılında Dumlupınar Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü Eski Türk Edebiyatı Ana Bilim Dalı’nda öğretim üyesi oldu. Dumlupınar Üniversitesi’nde araştırma merkezi müdürlüğü, bölüm başkanlığı ve bölüm başkan yardımcılığı gibi idari görevler yaptı ve hâlen bu görevlerine devam etmektedir. Çok sayıda yayımlanmış eser, makale ve bildirisi olan Doç. Dr. Mustafa Güneş, evli ve üç çocuk babasıdır.